本校於2004年成立工學院，為因應國內外科技產業結構變化及引領科大研發創新，本院於2017年進行所屬系所修訂培育目標，重新定位為智慧科技學院。本院目前設有環境與安全衛生工程系(所)、智慧科技應用系(原資訊工程系)、醫療器材發展與應用系(原生物醫學工程系)。產學研發績效卓越，包括智慧資訊科技、醫療器材、輔助科技、環境保育、工業減廢、製程改善、職場安全衛生輔導及綠色能源推廣等，研發成果受到產業界及機關團體諸多肯定。
本院各系所特色分別為：
一、環境與安全衛生工程系包含大學部環境工程組、職業安全衛生組及綠色科技組等三組與環境工程所及職業安全與防災所兩個研究所，環工組主要培育從事環境保護與管理人才；綠科組涵蓋綠色能源技術與綠色產品檢驗，培養永續環境科技人才。職安組培育職安衛與管理之人才，提供社會所需之職業安全及職業災害預防服務。
二、智慧科技應用系旨在培育智慧系統開發及數位服務應用等二大類人才。課程配合產業趨勢，讓學生具備實作能力，並發展行動裝置軟體開發設計、無人機、物聯網、人工智慧、大數據、智慧生活以及專題實作課程，使學生開創知能並進、學用合一之契機。
三、醫療器材發展與應用系結合生物、醫學與工程跨領域學科，培育主軸分為生醫電子與資訊、生物力學及輔具科技、智慧自動化等培養學用合一的醫工專業人才。 本院所有系所皆通過IEET 國際認證，學歷獲國際認可，並可申請國際專業證照。智慧科技學院研發能力在國內具競爭力，根據97~100年國際WOS公佈之15項專業期刊論文，智慧科技學院在生態、土木及地球科學等三領域皆排名全國前15名。另智慧科技學院獲教育部技職再造計畫部助近1,600萬元，建置智慧自動化技優學程，所研發工業檢測及生產自動化技術在中部產業界具知名度。
本院秉持精進教學及研究整合以提供優質課程與學習環境、強化師資結構以精進教學與研究、落實教學創新以提升學生跨領域能力與職場就業力，同時持續拓展資源以建立業界相關技術服務平台與優質互惠之產學合作關係。
智科學院教育目標：
- 培養具應用智慧科技及邏輯推理能力之跨領域人才。
- 培育具公民素養、專業倫理與社會責任的科技應用人才。
- 培育具前瞻性、國際觀及持續創新成長之人才。
- 奠定專業技術根基、培養團隊合作精神與提升實務經驗。
未來展望
- 培育兼具人文與科技之專業技術人才。
- 成為產業技術與諮詢之顧問。
- 發展以服務產業為特色之工程應用學院。
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