本局依組織條例，置局長1人，綜理局務，指揮監督所屬機關及人員；另置副局長2人、主任秘書1人，襄理局務；下設企劃、空運、飛航標準、飛航管制、場站、航站管理小組等6組及資訊、秘書、主計、政風、人事等5室。局屬機關計有：臺北、高雄、花蓮、馬公、臺南、臺東、臺中、金門、嘉義、蘭嶼、綠島、七美、望安、南竿、北竿、恆春等16個航空站及飛航服務總臺、民航人員訓練所等計18個機關。此外，本局尚有機場工程處、桃園航空客貨運園區開發中心、飛航管制聯合協調中心等3個任務編組單位，及受本局指揮監督之航空警察局與航空醫務中心。
官方網站：
- 交通部民用航空局
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