行政院1993年通過「振興經濟方案」並提出「增設南部科學工業園區」，於1995年5月核定南部科學工業園區籌設計畫（即臺南園區一期基地），2001年9月核定臺南園區二期基地，2020年4月核定臺南園區三期基地。
臺南園區一、二期位於臺南市新市、善化及安定三區之間，面積1,043公頃，主要產業為光電、積體電路、精密機械、生技及綠能等產業。其中，2017年半導體領導廠商台積電公司，5奈米及3奈米先進製程於臺南園區建廠，將有利吸引全球頂尖廠商，打造全球規模最大的半導體產業製造聚落。此外，將結合既有園區綠能廠商及週邊學研機構，鏈結產學與沙崙綠能科學城，共同打造「綠能科技創新產業生態系」。而在光電部分，主要係以群創與瀚宇彩晶所形成的平面顯示器上下游聚落為核心，隨著智慧型手機及筆記型電腦的大量需求，觸控面板快速發展，目前南科已有和鑫光電及群創的觸控面板廠，加上園區TFT-LCD聚落相關元件、材料、設備等廠商的支援，上下游供應鏈完整，形成國內最重要之TFT-LCD產業聚落。
臺南園區三期擴建位於臺南科學園區特定區西南側看西農場，面積約85公頃，預計引入半導體、智慧機械、精準健康及產業創新等產業，形塑產業群聚效應，預計2023年7月提供廠商建廠。
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